时间:2008-05-10 05:02:42   来源:论坛整理  作者:  编辑:chinaitzhe

void read（const char *filename）
{
static const int buffer_size=500000;
unsigned int current=0;
ifstream genome_file(filename);
if(!genome_file)
{
cout < <"Can not open input file" string(filename);
return;
}
else
{
vector <char> buffer;

char c='\0';
do
{
genome_file.get(c);
current;
}
while(c!='\n' && c!='\0');

while(!genome_file.eof())
{
genome_file.seekg(current);
genome_file.read(&buffer.front(),buffer_size);
int real_size=genome_file.gcount();

int loop=buffer_size-12;

for(int j=0;j <=loop;j )
{
unsigned int key=0;
for(short k=0;k <seed_size;k )
{
int tmp=char_to_int(buffer[current j k]);
key=key tmp*pow(4.0,12-k-1);
... ...
}
... ...
}
}
}
}


文件读取 有两个问题：
1. 死循环： while(!genome_file.eof()) 不会结束，执行无数次
假如改成 while（genome） 就只执行一次

2. 读取的东西为空：
genome_file.read(&buffer.front(),buffer_size);
int real_size=genome_file.gcount();

发现 buffer 为空， real_size=0

求助各位高手，俺是新手！



网友回复:所读取的文件是这样的：

>chr12frag
accagcatggcgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaattatccagg
cgtggtggcacgtgcctgtaatcccagctactcaggagactgaggcagga
gaatcgcttgaacccaggaggcagaggttgcagtgagccaagattgcacc
agtgcactccagcctgggtgacagagtgagactccacctcaaaaaaaaac
aacctcaagtatcttctccatattgagaatcatcagagtaatcaaacttt
tacataaataggaaacttgtatagggatttgtgcaagaatacgaaggtgg
ttctgattagggaggaaacttgtaggcatgtctttgaaagataacaggta
ttatgtggagtcaggaaagtctggtttcaaattcctgccctaccacttcc
aactgtgataacaaactttaatttttaacctgtcttatgtgaagagtttt
cacctgtaaaacagtggaaattaaaggaccactgttattatcgggtggcg
ttaaatttccccttgaagtagaaatggcatactatgtcaaccaaactcca
gctccgtacttggatatttgttaattgataactcttcaagtttgttcttt

后面省略

网友回复:if ( genome_file.fail() )
判定下，是不是你的文件名写错了

网友回复:跟踪下current的数值
网友回复:

C/C code

Code highlighting produced by Actipro CodeHighlighter (freeware)

http://www.CodeHighlighter.com/





    do

    {

     genome_file.get(c);

       current;                        

    }

    while(c!='\n' && c!='\0'); 



貌似你的逻辑错了，你是想先跳过一开始的换行和null吧？



那应该这样

do

    {

     genome_file.get(c);

if（c=='\n' || c=='\0'）

       current;                        

    }

    while(c=='\n' || c=='\0');

丑陋了点，不管了，你自己实现相同功能吧
网友回复:文件名 经检查 无误。

char c='\0';
do
{
genome_file.get(c);
current;
}
while(c!='\n' && c!='\0');
这段确实 是 跳过 前面一行

而且 也是 正确的， current 也增加了，

但是后面 while(!genome_file.eof())
{
进入 后 没有读到东西，current 无增加，real_size为0 ，
网友回复:关注 接分
网友回复:有问题请先GOOGLE,BAIDU